CITAZIONE
Galaxy Express 999 è ambientato nell'anno 2021, in un futuro ad alta tecnologia, dove una rete ferroviaria interstellare si estende ormai per tutta la galassia, treni spaziali fanno servizio ogni giorno e persone con un "corpo meccanico" stanno spingendo l'umanità verso l'estinzione. In quegli anni sulla Terra viene progettata Megalopolis, città modernissima dal clima sempre controllato, dove gli abitanti hanno un corpo meccanico che consente loro di vivere fino a duemila anni, data la possibilità di sostituire i pezzi che non funzionano più. Questi sono però i ricchi, i poveri non possono permettersi un corpo meccanico e vivono in tuguri ai margini della città. Una madre e un figlio poveri, tra i primi, vengono a sapere che esiste un pianeta dove si può ricevere gratuitamente un corpo meccanico. Per andarci devono raggiungere Megalopolis e da lì proseguire il viaggio con il Galaxy Express 999, un treno spaziale dalla tecnologia avanzatissima che appare guidata, però, da una classica locomotiva a vapore. Masai, il ragazzo (nell'originale si chiama Tetsuro Hoshino), desidera disperatamente come altri un corpo meccanico indistruttibile, che gli fornisca la possibilità di vivere duemila anni, e la libertà che gli umani poveri della Terra non hanno. La madre viene presto uccisa in una caccia all'uomo organizzata dagli uomini meccanici, che a Megalopolis si divertono a cacciare gli umani per poi ibernarli come trofei. Masai non viene catturato. Rischia di rimanere assiderato, ma lo salva una donna bellissima, Maisha (nell'originale si chiama Maetel che deriva dal latino mater), che assomiglia moltissimo a sua madre morta. Maisha gli offre un biglietto gratuito per un viaggio a bordo del Galaxy Espress 999, destinazione Andromeda, il pianeta degli uomini meccanici, in cambio della sua compagnia durante il viaggio. Masai acconsente. Nel corso del viaggio spaziale in treno, Masai affronta molte avventure ed incontra molti "uomini macchina", incluso il conte Meca, l'uccisore di sua madre. Masai riesce ad avere la sua vendetta sul crudele conte. Col tempo però si rende conto sempre di più che un corpo meccanico non potrà risolvere tutti i suoi problemi. Infatti molte delle persone macchina da lui incontrati rimpiangono di aver dato via la loro umanità. È implicito che Maisha abbia un corpo meccanico, perché fa visita al suo corpo umano su Plutone, dove i corpi umani "scartati" sono incassati nel ghiaccio, in una gigantesca tomba planetaria. Nel manga, uno dei personaggi la definisce "l'altro universo di cui ho paura!", rendendo il problema di chi o cosa lei sia, ancora più nebuloso. Tuttavia Maisha, che nel corso del viaggio si spoglia alcune volte nuda di fronte a Masai (oppure viene costretta a farlo), continua a presentare un aspetto umano. Solo nell'episodio 28 ("Il Romanziere dello Spazio"), la ragazza sembra svelare la sua reale natura, anche se i particolari non vengono mostrati allo spettatore. Finalmente Masai e Maisha raggiungono Andromeda dove lui scopre la terrificante verità... che sta per essere trasformato in un bullone. La Regina Prometheum, capo dell'impero meccanizzato e madre di Maisha, controlla il pianeta Andromeda tramite componenti umane completamente meccanizzate. Maisha però, che oramai si è affezionata a Masai, si rivolta contro la madre. Con l'aiuto di suo padre, Dr. Ban, incastonato nel pendente che lei porta al collo, Maisha distrugge sua madre e Andromeda. La vera natura di Maisha viene svelata; lei vive in un corpo umano ed è in grado di rimpiazzarlo ogni volta che invecchia, permettendole di vivere per sempre. Maisha e il 999 riportano Masai sulla Terra e lei, dopo un addio struggente, riparte per lo spazio su quello stesso treno, presumibilmente per non tornare mai più. Queste sono le parole originali dell'addio di Maisha, quelle che lei rivolge a Masai prima di lasciarlo per sempre: "Io sono una donna che esiste solo nei tuoi ricordi: un'illusione che ha preso vita nel tuo cuore di fanciullo". Nel 1996, Matsumoto ha iniziato una nuova serie di GE999, ambientata un anno dopo la prima, in cui la Terra viene distrutta e Masai cerca di scoprire l'origine dell' "oscurità" che minaccia la vita di tutto l'universo.
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